Die
High-Performance-Computing-Infrastruktur (HPC) von TGAC wird von der
Hinzunahme von Edico Genomes DRAGEN
[http://www.edicogenome.com/dragen/](TM), profitieren, dem weltweit
ersten Prozessor speziell zur Analyse bestimmter Daten bei der
Sequenzierung. DRAGEN wird TGACs Sequenzierungen der n
Generation beschleunigen.
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[http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788]
Erste Bewertungen von DRAGEN zeigen, dass die Kartierung des
Genoms der Esche 177 mal schneller pro Verarbeitungskern war als
TGACs lokale HPC-Systeme. Bei einem der gr
nur 7 Minuten statt 3 Stunden ben
die auf den HPC-Servern von TGAC ca. 2 Stunden ben
mit DRAGEN nur drei Minuten.
Projektleiter Dr. Tim Stitt, Leiter des Scientific Computing bei
TGAC, sagte: "Wir sind h
Edico Genome f
Erwartungen an diese bahnbrechende Technik, unsere Mission zur
F
Nahrungsmittelversorgung in Gro
Speziell sind wir h
das Weizengenom handhabt, das f
Genom und zudem weitaus komplexer. Weizen ist f
Weltbev
Jahr 2050 9 Milliarden Menschen auf der Erde leben.
Das Verst
Diversit
Steigerung der Ertr
Weizen Krankheiten und Trockenheiten ausgesetzt ist. Es liegt auf der
Hand, dass dies so schnell wie m
ist auf dieser Mission eine gro
Die Alignierung mit Referenzgenomen ist eine fundamentale Aufgabe,
der die Forscher von TGAC sich t
Zusammenarbeit mit Edico Genome wird das DRAGEN-System
optimierte Genom- und Transkriptomanalysepipelines verf
TGAC ist stolz darauf, neue und disruptive Technik in die H
der Biowissenschaft zu legen. Unsere Zusammenarbeit mit Edico Genome
ist ein weiterer Beleg unserer f"
Der Bio-IT Prozessor DRAGEN ist auf einer PCIe-Karte integriert
und auf einem vorkonfigurierten Server erh
Integration in die Abl
in hohem Ma
(FPGA) liefert hardware-beschleunigte Implementierungen von
BCL-Konversion, Kompression, Kartierung, Alignierung, Sortierung,
Markierung von Duplikaten, Haplotyp-Variantenbenennung und
gemeinsamem Genotyping.
Das DRAGEN-System ist somit deutlich schneller als herk
Ans
einer k
[http://www.genomemedicine.com/content/7/1/100] publizierten Studie
verk
41 Minuten bei einer Sensibilit
Effizienzgewinne k
die am TGAC verarbeitet werden, einen enormen Unterschied ausmachen.
Sequenzalignierung ist hier f
entscheidend.
"Unsere Zusammenarbeit mit dem TGAC, einem der gro
Bereich der Genomik mit einem der gr
Europas, ist ein gutes Beispiel f
Sequenzierungszentren", sagte Pieter van Rooyen
[https://www.youtube.com/watch?v=aAUzg5Hzigw], Ph.D., der CEO von
Edico Genome. "Wir freuen uns auf die weitere Zusammenarbeit mit
Forschern und
kosteng
Sequenzierungsdaten der n"
Hinweis an Redakteure
1. Die Hardware-Modifizierungen wurden durch Techniker von Edico Genome
ausgef
Datens
nicht vom Menschen stammen.
2. Die DRAGEN-Technik hat akkurate Analyse von mehr als 50 menschlichen
Gesamtgenomen (von FASTQ bis VCF) in weniger als einem Tag gezeigt. TGAC
plant die Einbettung des Systems in die existierende HPC-Plattform als
Ressource im Batch-Verarbeitungssystem.
The Genome Analysis Centre (TGAC) ist ein Forschungsinstitut, das
sich darauf konzentriert, modernste Genomik und Bioinformatik zu
nutzen, um Forschung an Pflanzen, Tieren und Mikroben f
nachhaltige Biowirtschaft voranzubringen. Das TGAC ist ein Zentrum
der innovativen Bioinformatik, das sich der Erforschung, Analyse und
Interpretation multipler, komplexer Datens
Heimstatt eines der gr
Europas.
Edico Genome hat mit DRAGEN(TM)
[http://www.edicogenome.com/dragen/dragen-bio-it-platform/] den
weltweit ersten Bioinformatikprozessor zur Analyse der
Sequenzierungsdaten der n
der Sequenzierung der n
Geschwindigkeit und erzeugt Bedarf f
Datenmengen schnell und akkurat verarbeiten kann. Die
Rechnerplattform von Edico Genome hat gezeigt, dass sie
Gesamtgenom-Datenanalysen bei hoher Genauigkeit und geringeren Kosten
von Stunden auf Minuten reduzieren kann, was
schnellere Antworten erm
unter www.EdicoGenome.com [http://www.edicogenome.com/] oder folgen
Sie @EdicoGenome.
Web site: http://www.edicogenome.com/
Pressekontakt:
KONTAKT: Hayley London, Marketing & Communications Officer, The
Genome Analysis Centre (TGAC), +44 (0)1603 450107,
Hayley.London@tgac.ac.uk; Gavin Stone, Vice President, Marketing,
Edico
Genome, +1-858-699-1212, gavins@edicogenome.com; Monica May f
Genome, Canale Communications, +1-619-849-5383, monica@canalecomm.com
