Oxford Nanopore und Caribou
Biosciences, Inc. haben eine nicht-exklusive Lizenzvereinbarung
abgeschlossen, mit der Caribou Oxford Nanopore eine weltweite,
nicht-exklusive Lizenz unter dem von Caribou kontrollierten geistigen
Eigentum CRISPR-Cas9 für die Nanoporen-Sequenzierung gewährt hat.
"Die Cas9-Technik wird es den Anwendern ermöglichen, die Regionen
des Genoms, die sie am meisten interessieren, auszuwählen und zu
isolieren. Dazu gehören auch solche, die für bestehende Methoden
nicht verfügbar sind und für eine schnelle Analyse mit unserer
langlesenden Echtzeit-Sequenzierungstechnologie bereit sind", sagte
Dr. Gordon Sanghera, CEO von Oxford Nanopore.
"Der gesamte Bibliotheksaufbereitungsprozess dauert weniger als
zwei Stunden, so dass in Kombination mit unserem tragbaren Sequenzer
MinION das Potenzial besteht, schnelle, probennahe Tests auf neue
Weise zu ermöglichen."
Eine schnelle, flexible und zielgerichtete Vorgehensweise
Die CRISPR-Cas9-vermittelte Anreicherung für die
Nanoporen-Sequenzierung ermöglicht eine schnelle, einfache, flexible
und gezielte Sequenzierung von langen interessierenden Regionen, ohne
dass eine Amplifikation erforderlich ist - bisher wurden Leselängen
von über 100Kb beobachtet. Die Technik eröffnet Regionen des Genoms,
die bisher nur mit einer langlesenden Ganzgenomsequenzierung
zugänglich waren, was die Kosten, die Datenausgabe und die
Bearbeitungszeit deutlich reduziert.
Das Verfahren eignet sich zur Charakterisierung von
Wiederholungsexpansionen, SNVs und SVs unter Beibehaltung des
Methylierungsstatus des nativen Moleküls, über den die neueste
Basecalling-Software standardmäßig verfügt. Es kann auch verwendet
werden, um viele Ziele gleichzeitig zu sequenzieren, so dass Benutzer
ihre eigenen Panels erstellen oder größere Regionen überschauen
können.
Viele Teams waren mit dieser Vorgehensweise bereits erfolgreich
und Oxford Nanopore plant die Veröffentlichung eines
Cas9-Sequenziersets im Laufe des Jahres. Fürs Erste können Forscher
auf ein Protokoll und ein Bioinformatik-Tutorial (https://community.n
anoporetech.com/knowledge/bioinformatics/evaluation-of-read-mapping/t
utorial) zugreifen.
Schnelle Charakterisierung anspruchsvoller Regionen
Timothy Gilpatrick und sein Team demonstrierten (https://nanoporet
ech.com/resource-centre/target-enrichment-cas9-research-spotlight)
die Fähigkeit der Cas9-Anreicherung und der langlesenden
Nanoporen-Sequenzierung, krebsbegünstigende Gene ausgiebig zu
charakterisieren. Mehrfach hundertfache Anreicherung von Zielstellen
ermöglichte die Identifizierung bekannter großer Strukturvarianten,
SNPs und differentieller Methylierungsmuster in Genen mit
prognostischen Auswirkungen auf Brustkrebs.
Die Cas9-Anreicherung mit der Nanopore-Sequenzierung aus Oxford
ermöglicht es Wissenschaftlern, kostengünstige Sequenzierungen von
Zielregionen durchzuführen, die bisher nicht zugänglich waren,
einschließlich Wiederholungsexpansion, Methylierung, Sequenz mit
geringer Komplexität und großen Bereichen struktureller Variation.
Die potenziellen Auswirkungen sind beträchtlich, insbesondere in der
klinischen Forschung und bei der Validierung von Genomveränderungen.
Pressekontakt:
Zoe McDougall, media@nanoporetech.com
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