Die wichtigste Voraussetzung für eine effektive Wurmkontrolle bei Pferden ist angemessene Hygiene. Daher ist die tägliche Kotbeseitigung im Stall, Paddock und auf der Weide ein Muss. Im Spätsommer sollten täglich die gelben Eier der Dasselfliegen mit einem scharfen Messer vom Fell abgeschabt werden. Durch solche grundlegenden Maßnahmen kann die Zahl der erforderlichen Entwurmungen reduziert werden.
Um weitere Resistenzen zu verhindern, ist unter anderem die richtige Dosierung wichtig. Unterdosierung nämlich kann eine Resistenzbildung erheblich fördern. Weil die heutigen Pferde-Entwurmer eine hohe Dosierungsbreite haben, ist eine sicherheitshalber vorgenommene Überdosierung um 10 bis 20 Prozent daher problemlos möglich und eben auch sinnvoll, um ein möglicherweise zu gering geschätztes Körpergewicht zu korrigieren.
Professor Georg von Samson-Himmelstjerna vom Institut für Parasitologie und Tropenveterinärmedizin der Freien Universität Berlin, Mitautor einer mittlerweile existierenden wissenschaftlichen Empfehlung zur nachhaltigen Kontrolle von Magen-Darm-Parasiten der Pferde, empfiehlt vor allem ein regelmäßiges Parasitenmonitoring durch Kotuntersuchungen: „Nur wenn man weiß, welche Parasiten vorliegen, und ob die verwendeten Wirkstoffe in dem jeweiligen Bestand noch funktionieren, kann man sinnvoll behandeln und Resistenzen vermeiden.“ Unerlässlich ist dabei vor allem die regelmäßige, am besten einmal pro Jahr durchgeführte Nachkontrolle durch eine weitere Kotuntersuchung etwa eine Woche nach der Entwurmung, um zu sehen, ob das Medikament die gewünschte Wirkung zeigt. Dafür sollte die sogenannte quantitative Kotuntersuchung beim Tierarzt oder einem qualifizierten veterinärmedizinischen Labor in Auftrag gegeben werden. Denn nur bei dieser Untersuchung wird die Zahl der Wurmeier pro Gramm Kot ermittelt, so dass man einen konkreten Zahlenwert erhält.
Nicht jeder Wurmbefall muss indes unbedingt behandelt werden. Sollten z.B. bei erwachsenen (mindestens fünf Jahre alten) Pferden ausschließlich kleine Palisadenwürmer vorhanden sein, so sehen einige Wissenschaftler Tiere mit unter 200 Eiern pro Gramm Kot als noch nicht entwurmungsbedürftig an. Diese Überzeugung wird allerdings nicht allgemein geteilt.
Denn die Aussagekraft von Kotuntersuchungen darf keinesfalls überbewertet werden. Zum einen werden manche Parasiten durch konventionelle Kotuntersuchungen gar nicht erfasst (z.B. Magendasseln und Bandwürmer), zum anderen können die Eizahlen im Kot stark variieren. Manche Pferde beherbergen eine große Anzahl von Würmern, scheiden aber nur relativ wenige Eier aus. Das Pferd scheint dann zwar gesund zu sein, kann aber bei Nicht-Behandlung erhebliche gesundheitliche Schäden davontragen, wie zum Beispiel Koliken. Solche Tiere würden fälschlich unbehandelt bleiben, wenn die Entscheidung für eine anstehende Entwurmung nur vom Ergebnis der Kotuntersuchung abhängig gemacht würde. Solche Verfahren eignen sich zwar für das antiparasitäre Management von großen Nutztiergruppen (Schafe, Rinder), aber nicht für eine Pferdehaltung, in der das Wohl und die Gesundheit des Einzeltieres im Vordergrund stehen.
Wie lautet nun die mehrheitliche Empfehlung der Experten für die pferdehalterische Praxis? Bei erwachsenen Pferden (fünf Jahre oder älter) sollten mindestens zwei feste Entwurmungen im Jahr durchgeführt werden: Einmal ca. zwei Monate nach Weideaustrieb, also im Juni oder Juli gegen Rund- und Bandwürmer, und eine weitere im November / Dezember gegen Magendasseln, Rund-und Bandwürmer. Weitere Entwurmungen können zusätzlich variabel und nach Bedarf im Februar / März oder August / September durchgeführt werden, wenn eine zuvor erfolgte Kotuntersuchung dies nahelegt.
Wichtig ist, dass Fohlen und Jungpferde niemals nur nach Kotuntersuchung entwurmt werden sollten. Sie sind weitaus anfälliger für Magen-Darm-Parasiten und weisen oft wesentlich höheren Parasitenbefall auf als erwachsene Pferde. Daher können sie auch schneller Schaden nehmen. Neue Pferde sollten zunächst in Quarantäne bleiben und unbedingt entwurmt werden, damit sie keine neuen Wurmstämme importieren können.